Milicias populares conservadoras especialmente de los mayoritarios musulmanes, pasaron a cuchillo a comunistas y chinos en una orgía de sangre. En esa campaña, la CIA ofreció a los militares una lista de 10.000 miembros del PKI.
El uno de octubre de 1965 seis generales indonesios anticomunistas fueron secuestrados y asesinados en Yakarta, en lo que arecía una intentona golpista que se atribuía a la izquierda. Indonesia estaba gobernada por el Presidente Sukarno, un carismático líder del movimiento de los no alineados del Tercer Mundo en buena relación con el PKI, el Partido Comunista de Indonesia.El PKI era el mayor Partido Comunista no gobernante del mundo, tercero en votos en las elecciones de 1955. Al concluir aquella jornada otoñal, quienes habían tomado el poder no eran los comunistas, sino un grupo militar encabezado por el General Suharto (no confundir con el anterior), un doble colaboracionista, del poder colonial holandés y de los invasores japoneses, que ahora iba a convertirse en el hombre de CIA en Indonesia.Los generales dirigidos por Suharto ilegalizaron al PKI e incitaron a la violencia contra sus miembros y contra la importante, próspera y odiada minoría de indonesios de origen chino. Milicias populares conservadoras especialmente de los mayoritarios musulmanes, pasaron a cuchillo a comunistas y chinos en una orgía de sangre. En esa campaña, la CIA ofreció a los militares una lista de 10.000 miembros del PKI.Comenzó una gran masacre, estimada entre centenares de miles y un millón, que la propia CIA describiría más tarde como, «una de las mayores matanzas del siglo XX». Centenares de miles fueron encarcelados.La conspiración empezó a tomar forma en 1960 cuando, como revelan los archivos nacionales de EE.UU. los departamentos de Estado y de Defensa tomaron medidas para proporcionar ayuda económica y militar a quienquiera que estuviera dispuesto a enfrentarse al Partido Comunista de Indonesia.Dos años más tarde, un documento firmado por el presidente John F. Kennedy y por Harold Macmillan afirmaba que era indispensable «liquidar» a Sukarno.Los militares se lanzaron a la caza de los comunistas, a los que mataban en plena calle o en su domicilio e incluso mientras dormían. La cacería se mantuvo durante un largo período de tiempo. En Surabaya, ciudad obrera de Java oriental y baluarte comunista, hubo una auténtica carnicería.En los pueblos de Sumatra y Sulawes, los policías locales disparaban a matar contra los comunistas, ajustando así, en ocasiones, viejas cuentas personales. Muchedumbres enfurecidas, sobre todo de musulmanes, colaboraban con los militares allá donde existían fricciones entre grupos étnicos o religiones»En un sólo mes exterminaron a más de un millón de supuestos comunistas, y durante la larga dictadura de Suharto (1967-1998) otro millón de ciudadanos resultó asesinado. En 1968 se repitieron las ejecuciones en masa; sólo en Java asesinaron a golpes a más de 3.500 presuntos comunistas. Otros muchos disidentes fueron recluidos a perpetuidad en los campos de trabajo. Como consecuencia de todo ello, EE UU, según palabras pronunciadas por el general Maxwell Taylor en 1972, había conseguido «la independencia de Indonesia y su relativa liberación de una amenaza comunista interna».