Negroponte es un vástago de la aristocracia de Nueva Inglaterra. Nació en el seno de una adinerada familia, propietaria de una flota de navíos de carga. Se educó en los centros de la elite: Exeter, Yale. Comenzó su carrera diplomática en Hong Kong, observatorio para escudriñar el interior de China, donde es probable que fuese reclutado por la CIA. Lógicamente se le destinó a Vietnam en tiempos de la guerra. Tuvo desavenencias con Kissinger y pasó un período en embajadas de poca importancia, pero fue rescatado en la época de Reagan y enviado a Honduras, donde organizó a los contras nicaragüenses y a la contrarrevolución centroamericana.
No está demás recordar que las fuerzas armadas de Honduras fueron comletamente reestructuradas y «re-educadas» durante los años ochentas cuando el Embajador de EEUU en Honduras era nada menos que John Negroponte, cuya carrera «diplomática» lo llevó a cubrir destinos tan distintos como Vietnam, Honduras, México, Irak para, posteriormente, hacerse cargo del super-organismo de inteligencia llamado Consejo Nacional de Inteligencia de su país. Desde Tegucigalpa dirigió personalmente las operaciones terroristas realizadas contra el gobierno Sandinista y promovió la creación del escuadrón de la muerte mejor conocido como el Batallón 316 que secuestró, torturó y asesinó a centenares de personas dentro de Honduras mientras en sus informes a Washington negaba que hubiera violaciones de los derechos humanos en ese país. Fue embajador en Honduras de 1981 al 85. Durante su ejercicio fundó la espantosa base de El Aguacate, centro de detención y torturas, con la cooperación de la CIA y de militares argentinos. Allí se entrenaba a los contras nicaragüenses. En agosto de 2001 unas excavaciones descubrieron los restos de 185 personas, incluyendo dos norteamericanos, quienes habían sido torturados y asesinados en aquel horrendo lugar.Negroponte, con ayuda de la CIA, contribuyó a crear el Batallón 316 que secuestró, martirizó y exterminó a cientos de patriotas hondureños. Negroponte puso en contacto a traficantes de armas con militares hondureños y logró que el presupuesto de la ayuda militar norteamericana a Honduras creciera de cuatro a setenta y siete millones de dólares anuales. Negroponte ha sido denunciado como responsable de violaciones de derechos humanos, por funcionarios de su propia misión diplomática. Negroponte negó tener conocimiento sobre la suerte corrida por 32 monjas salvadoreñas que se habían refugiado en Honduras, tras el asesinato del obispo Oscar Romero. Luego se supo que las monjas habían sido secuestradas, violadas y lanzadas desde helicópteros, todo lo cual era del conocimiento y probable intervención de Negroponte.Negroponte colaboró estrechamente con el jefe del ejército hondureño, general Gustavo Álvarez Martínez en la consolidación del terrorismo de Estado, de la desaparición de centenares de hondureños y salvadoreños, en la tortura, interrogatorio y asesinato de patriotas que solamente deseaban ver a su país libre del dominio extranjero y de la opresión de la oligarquía nacional.A Negroponte se le asocia con el asesinato de cuatro monjas de la congregación Maryknoll, de Nueva York: Ita Ford, Maureen Clarke, la ursulina Dorothy Kazel y la misionera Jean Donovan hallados en El Salvador. También con el del sacerdote jesuita estadounidense James Carney, quien fuera desaparecido por los militares hondureños en setiembre de 1983. Sus restos fueron exhumados en enero de 2004 en una de las bases usadas por los contras, con el asentimiento de Negroponte.En su momento el Senador estadounidense John Kerry demostró que el Departamento de Estado había pagado 800 mil dólares a cuatro compañías de aviones de carga pertenecientes a grandes narcos colombianos para que transportasen armas para los grupos que Negroponte organizaba y apoyaba en Honduras. Estos pilotos testificaron bajo juramento confirmando las declaraciones de Kerry. La propia prensa estadounidense informó que Negroponte estuvo ligado al tráfico de armas y de drogas entre 1981 a 1985 con el objeto de armar a los escuadrones de la muerte, pero nada interrumpió su carrera. Esas fuerzas armadas son las que hoy depusieron a Zelaya.